Contramestre piloto (imediato) no brigue “Zarco”, passou ao comando do veleiro “Olinda”, matriculado na Capitania de Lisboa para viagem a Moçambique, em Novembro de 1872. Aquela matrícula refere como comandante o capitão José Joaquim Alves Fernandes. Só mais tarde é que nos seus registos aparece o apelido Águas.
Como oficial da marinha mercante, comandou diversos navios e conhecia, na perfeição, a costa oriental da África Portuguesa (Moçambique), tendo convivido de muito perto com oficiais graduados da Marinha de Guerra Portuguesa, que não desdenhavam dos seus conselhos.
Por ocasião do seu falecimento, a imprensa figueirense publicou a seguinte notícia:
“Domingo de manhã fomos dolorosamente surpreendidos pela notícia da morte, brusca, deste nosso bom amigo, sogro dos srs. drs. Manuel e José Gomes Cruz.
Com 79 anos, o velho Capitão Águas, designação por que era mais conhecido, por na sua mocidade ter comandado vários navios da marinha mercante, ainda no sábado à noite recolhera ao leito cheio de saúde e de bonomia, nada fazendo prever o triste desenlace que na manhã seguinte, abruptamente, havia de ferir sua extremosa família e os seus muitos amigos.
Era, da numerosa família Águas, o único ancião sobrevivente, a todos infundindo respeito o seu porte austero e as suas tradições de marinheiro destemido.
O sr. Capitão Águas deixou a vida marítima há perto de quarenta anos e durante o tempo em que a exerceu cometeu feitos de audácia de que, pela sua proverbial modéstia, nunca quis tirar relevo. Ele conhecia, no seu tempo, como ninguém, a costa da nossa Africa Oriental, e alguns dos oficiais mais graduados da nossa marinha de guerra, como, por exemplo, Augusto de Castilho, conviveram de perto com o nosso malogrado amigo, apreciando com grande consideração as suas valorosas qualidades de homem do mar.
Possuidor de alguns meios de fortuna, o sr. José Joaquim Águas constituiu o seu lar na Praia de Buarcos, ali, e, nos últimos anos, na sua Quinta da Esperança, à estrada de Tavarede, passando a sua existência, jamais deixando de exercer a sua actividade.
Ultimamente, há perto de dois anos, o sr. Artur de Oliveira, gerente da Sociedade Portuguesa de Navegação, convidou o sr. Capitão Águas para auxiliar os importantes serviços desta e, aceitando o convite, como que remoçando, o saudoso extinto soube, com zelo inexcedível, interessar-se pelas propriedades da sociedade, afirmando sempre os seus excelentes conhecimentos técnicos e fazendo ouvir os seus conselhos cheios de prudência.
Além de trabalhador, José Joaquim Alves Fernandes Águas possuía um espírito profundamente liberal, nunca recusando o seu apoio às instituições propagadoras da instrução.
Caderno: Tavaredenses com História
Foi membro dos mais graduados da Maçonaria, e, como tal, justamente considerado no Grémio Fernandes Tomás, desta cidade. Interessaram-no sempre os progressos do Partido Republicano, e por vezes, em tempo da propaganda e da organização partidária, fez parte da Comissão Municipal Republicana deste concelho, de comissões paroquiais, etc.
Da consideração de que gozava o nosso saudoso amigo foi testemunho a piedosa e imponente manifestação ontem dedicada ao seu cadáver, no acompanhamento que o levou da Figueira ao cemitério de Buarcos, onde, por vontade do finado, foi sepultado na terra, para, posteriormente, serem os seus ossos trasladados para o seu jazigo ali existente.
Nessa manifestação viam-se centenas de pessoas de todas as classes sociais, sobressaindo todo o pessoal da Sociedade de Navegação, cuja bandeira cobria o féretro, sendo também a chave deste, por solicitação do sr. dr. Manuel Gomes Cruz, conduzida pelo director - gerente da sociedade, sr. Artur de Oliveira
A família deste nosso amigo e a Sociedade de Navegação ofereceram ainda duas formosas coroas de flores, sendo outra conduzida pelo menino José Cruz, dedicada por ele, sua irmã e primos, todos netos do malogrado morto e que eram agora o seu maior enlevo”.